Основание монастыря датируется 1625 годом, когда по указу Марфы Иоанновны, матери царя Михаила Фёдоровича, обитель была перенесена на новое место из-за угрозы затопления прежнего расположения на левом берегу реки Выши. Первым настоятелем стал игумен Тихон, руководивший монастырём с 1625 по 1661 год. В 1724 году монастырь был упразднён и приписан к Чернееву монастырю, однако в 1764 году вновь обрёл самостоятельность.
В период с 1800 по 1844 год, под руководством игумена Тихона из Саровской пустыни, монастырь пережил значительное развитие. Были построены каменные стены, кельи, башни и Казанский собор, в котором хранилась чудотворная икона Божией Матери, именуемая «Казанская-Вышенская». В конце XIX века в монастыре проживал святитель Феофан Затворник, чьи мощи ныне покоятся в обители.
После революции 1917 года монастырь был закрыт. В 1920-х годах его здания использовались под различные нужды, включая лесное хозяйство и психиатрическую больницу. В 1990 году часть зданий была возвращена Русской Православной Церкви, и монастырь был восстановлен как женский.