Село Эммануиловка, ранее известное как Засечинка, возникло не позднее XVII века в районе бывшей Большой засечной черты. В XIX веке село принадлежало дворянскому роду Нарышкиных. В 1860 году по инициативе и на средства тайного советника Эммануила Дмитриевича Нарышкина в селе была построена новая деревянная тёплая церковь во имя преподобного Сергия Радонежского. С этого времени село стало носить название Эммануиловка.
К 1911 году причт Сергиевской церкви села Эммануиловка состоял из священника и псаломщика. За церковью числилось 2 десятины усадебной и 36 десятин пахотной земли, расположенной в 0,5 версты от церкви. Земля давала годовой доход по 2 рубля 66 копеек с десятины, братский годовой доход составлял от 320 до 400 рублей, причтовый капитал — 1120 рублей, церковный капитал — 650 рублей. От казны выплачивалось жалованье: священнику — 300 рублей, псаломщику — 100 рублей. Дома у причта были собственные. В состав прихода входили близлежащие деревни Важная, Жданная и Марьинка.
В 1930 году Сергиевский храм был закрыт, однако уже с 1945 года богослужения в нём были возобновлены. С 1947 года в храме находилась местночтимая Вышенская Казанская икона Божией Матери, сохранённая священником Василием Яковлевым. С 1972 года настоятелем храма стал священник Георгий Глазунов. В 1970–1980-е годы в Эммануиловку стали приезжать преподаватели и учащиеся московских духовных школ, включая будущих архиереев и известных духовников. Село превратилось в центр православной жизни Шацкого района, тесно связанный с Троице-Сергиевой лаврой.
Наиболее заметным результатом деятельности этого православного центра стала подготовка к канонизации епископа Феофана (Говорова) — Затворника Вышенского. Его причисление к лику святых состоялось в 1988 году, а подготовка началась в 1973 году при участии известных лаврских богословов. С 1988 по 2002 год мощи святителя хранились в Сергиевском храме села Эммануиловка, после чего были перенесены в восстанавливаемый Успенский Вышенский монастырь.