В 1485 году Александр Свирский, после длительного уединения на Валааме, поселился на берегу Рощинского озера, где основал монашескую обитель.Согласно преданию, на этом месте ему явилась Святая Троица, что стало основанием для строительства деревянной церкви Живоначальной Троицы в 1509 году.
В 1533 году, при участии самого основателя и на пожертвования великого князя Василия III, была построена каменная Покровская церковь с трапезной палатой. Архитектурный стиль храма сочетает элементы суздальского, новгородского и вологодского зодчества.
После кончины Александра Свирского в 1533 году управление монастырем перешло к его ученикам. В середине XVII века к монастырю был приписан Введено-Оятский монастырь, что способствовало расширению влияния обители в регионе.
В 1644 году был возведен Преображенский собор с приделом в честь преподобного Александра Свирского и храмом в честь пророка Захарии и праведной Елисаветы. В 1716 году построен храм в честь преподобного Иоанна Дамаскина, а в 1791 году на месте первоначальной деревянной церкви был возведен каменный собор Живоначальной Троицы.
В XVIII веке монастырь служил резиденцией епископов Олонецких и Каргопольских, викариев Новгородской епархии. В этот период обитель стала центром духовного просвещения в регионе, способствуя распространению православия среди местного населения.
В XIX веке монастырь получил неофициальное название "Северная Лавра" благодаря своему значению и масштабу. В этот период были проведены значительные строительные работы, включая возведение новых храмов и обновление существующих сооружений.
После революции 1917 года монастырь был закрыт, а его помещения использовались для различных нужд, включая размещение психиатрической больницы. В 1997 году обитель была возвращена Русской Православной Церкви, после чего начались масштабные реставрационные работы.
