Согласно преданию, монастырь был основан в 1240 году в память о победе князя Александра Невского над шведами в Невской битве. Однако первые документальные упоминания о монастыре относятся к 1496 году, когда в оброчных переписных книгах Обонежской пятины упоминается обитель, за которой числилось 20 деревень. В 1499–1500 годах монастырь также упоминается в переписных книгах Водской пятины.
В 1611 году, во время шведской интервенции, монастырь подвергся разорению, а несколько десятков монахов были убиты. После Смутного времени, около 1628 года, все постройки монастыря были восстановлены. В 1714 году монастырь был подчинён Александро-Невскому монастырю, а в 1811 году получил самостоятельность в качестве заштатного монастыря.
Архитектурный ансамбль монастыря включает в себя Никольский собор, построенный в XII–XIII веках, колокольню, возведённую между 1691 и 1692 годами, и церковь Иоанна Златоуста, построенную в 1861–1873 годах по проекту архитектора А. М. Горностаева.
В 1927 году монастырь был официально закрыт, однако монашеская община продолжала существовать до 1937 года в виде рыболовной артели. В советский период на территории монастыря размещались различные учреждения, включая машинно-тракторную станцию, ремесленную школу и общежитие.
В 2002 году по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II монастырь был вновь открыт для возрождения монашеской жизни. С тех пор в монастыре проводятся богослужения, восстановлены монастырские здания и продолжается духовная деятельность.
