Спасо-Преображенский Мирожский мужской монастырь основан в XII веке, точная дата основания неизвестна. Монастырь расположен при впадении реки Мирожи в реку Великую. Кафоликоном монастыря является Спасо-Преображенский собор, построенный в середине XII века. Собор представляет собой крестово-купольный храм с одной главой на широком барабане, архитектурные формы которого следуют византийским традициям.
В середине XII века собор был расписан фресками, созданными, вероятно, греческими мастерами. Фрески сохранились на 80% поверхности стен и являются единственным на Руси ансамблем домонгольской монументальной живописи такой степени сохранности. В 1858 году во время ремонта фрески были раскрыты из-под поздних наслоений.
Монастырь связан с именем святителя Нифонта, архиепископа Новгородского, который, по преданию, способствовал созданию фрескового ансамбля. В XVI-XIX веках монастырский комплекс дополнялся новыми постройками: Стефановской церковью (XVII век), братским корпусом (конец XVIII - начало XIX века), оградой (1799-1805 годы).
В 1922 году монастырь был закрыт. Богослужения в Спасо-Преображенском соборе прекратились, помещения использовались для хозяйственных нужд. В 1994 году монастырь был возвращен Русской Православной Церкви. С 2019 года ансамбль монастыря входит в состав объекта Всемирного наследия ЮНЕСКО «Храмы псковской архитектурной школы».
На территории монастыря действуют иконописные мастерские, продолжающие традиции псковской школы иконописи. Спасо-Преображенский собор открыт для посещения в сухую погоду из-за необходимости сохранения фресок. Богослужения совершаются в других храмах монастырского комплекса.