Первое упоминание о храме относится к 1354 году, когда он упоминается как монастырская церковь Климентовского монастыря.
Храм посвящён двум святым: Клименту, Папе Римскому, и Петру, Архиепископу Александрийскому, чья память отмечается 25 ноября по старому стилю (8 декабря по новому стилю).
В 1615 году, во время осады Пскова войсками шведского короля Густава Адольфа, монастырь был разорён.
В XVIII веке к храму был пристроен придел Воздвижения Господня, выполненный в традициях русской церковной архитектуры, с куполом в виде луковицы.
В 1992 году церковь была передана Псковской епархии, а в 1993 году в ней возобновились богослужения.
