Первое упоминание обители в летописях датируется 1299 годом, когда монастырь подвергся нападению ливонских рыцарей.В результате этого нападения игумен Иоасаф и 17 иноков были сожжены в храме.
В 1310 году началось строительство каменного собора Рождества Пресвятой Богородицы, завершившееся в 1311 году. В 1313 году храм был украшен фресками, которые частично сохранились до наших дней и являются ценным примером псковской художественной школы начала XIV века.
Архитектурно собор представляет собой четырёхстолпный храм с тремя апсидами и одним куполом. В его композиции прослеживается влияние Спасо-Преображенского собора Мирожского монастыря, однако Снетогорский собор имеет ряд отличий, отражающих развитие местной архитектурной традиции. Внутреннее пространство организовано в форме равноконечного креста с примыкающими угловыми объёмами. Западные углы храма разделены на два этажа: нижние помещения использовались как придел и лестничная клетка, верхние — как дополнительный придел и ризница.
В XVI веке ансамбль монастыря пополнился трапезной церковью Святителя Николая Чудотворца, построенной в 1519 году, и церковью Вознесения Господня, возведённой в 1526 году. Последняя впоследствии была перестроена в колокольню, известную как Снетогорский столп.
Монастырь неоднократно подвергался разрушениям во время военных действий. В 1581 и 1612 годах он был разорён польскими войсками, а в 1615 году — шведской армией короля Густава Адольфа. Несмотря на эти испытания, обитель восстанавливалась и продолжала свою деятельность.
В 1804 году монастырь был закрыт и преобразован в архиерейский дом. В советский период на его территории размещались различные учреждения, включая санаторий. В 1993 году обитель была возвращена Псковской епархии и возобновила свою деятельность как женский монастырь. В настоящее время богослужения совершаются в трапезной Никольской церкви.
