В 1537 году на территории, известной как Скудельницы (место массовых захоронений), была возведена деревянная церковь во имя святых Жён-Мироносиц. В 1546 году на её месте построен каменный храм с приделом во имя святого Кирилла. Ктиторами строительства выступили Богдан Ковырин, Григорий Иванов Титов и Кирилл Мыльник. Одновременно с возведением храма основан Мироносицкий мужской общежительный монастырь.
В XVIII веке, в ходе секуляризационной реформы императрицы Екатерины II, монастырь упразднён, а храм получил статус приходского. В XIX веке проведены значительные перестройки: возведён боковой придел в честь святого Илии Пророка, изменена форма крыши, разобрана первоначальная звонница, а в 1881 году над главными воротами кладбища построена надвратная колокольня.
После революции 1917 года храм подвергся разорению, кладбище пришло в запустение. В 1930-е годы здание использовалось как склад. В 1955–1956 годах проведены реставрационные работы под руководством архитектора Б. С. Скобельцына. В 1989 году храм возвращён Русской Православной Церкви, возобновлены богослужения.
В последующие годы при храме открыта приходская общеобразовательная православная школа регентов, организован приют для детей-сирот в деревне Писковичи, начата активная миссионерская и просветительская деятельность. В 1990-х годах проведена роспись иконостаса придельной церкви, выполненная иконописцем архимандритом Зиноном (Теодором). В 2019 году начаты работы по восстановлению придела в честь Рождества Христова.
