Точная дата его строительства остаётся предметом дискуссий среди исследователей.Согласно преданию, основание Ивановского монастыря, частью которого являлся собор, связано с именем княгини Ефросиньи Рогволодовны, супруги псковского князя Ярослава Владимировича.Княгиня, принявшая постриг под именем Евпраксия, была первой настоятельницей обители и была похоронена в соборе в 1243 году.
Однако археологические исследования и анализ архитектурных особенностей храма позволяют предположить более раннюю дату его возведения. Некоторые специалисты относят строительство собора к периоду между 1120 и 1130 годами, связывая его с деятельностью вдовы псковского князя Всеволода (Гавриила). Архитектурные параллели между собором Рождества Иоанна Предтечи и новгородским Рождественским собором Антониева монастыря, построенным в аналогичный период, подтверждают эту гипотезу.
Собор представляет собой трёхглавый шестистолпный трёхапсидный храм с позакомарным покрытием, характерным для новгородской архитектуры начала XII века. Стены собора сложены из известняковой плиты с добавлением плинфы, что отличает его от большинства псковских церквей. В интерьере храма сохранились фрагменты древних росписей, включая мраморировку на северо-восточном столбе и орнаменты в круглых окнах второго света.
В течение своей истории собор неоднократно упоминается в летописях. В 1433 году в Пскове произошёл крупный пожар, во время которого пострадал и Ивановский монастырь: «А за рекою в монастыри святого Иоанна от млния наполнися церковь пламени, и потемнеша иконы позлащенные…».
В XVI—XVII веках монастырь пользовался покровительством русских монархов. В 1510 году великий князь Василий III даровал обители несудимую грамоту, освобождавшую монастырских людей от местного суда и податей. Впоследствии эта грамота подтверждалась царями Фёдором Ивановичем, Михаилом Фёдоровичем и Алексеем Михайловичем.
В 1615 году, во время осады Пскова шведским королём Густавом-Адольфом, монастырь был захвачен и использовался вражескими войсками для размещения складов. Это привело к значительным разрушениям и разорению обители.
К середине XVIII века монастырь пришёл в упадок. По описи 1743 года в обители проживало всего пять монахинь. В 1764 году, в ходе секуляризационной реформы, к монастырю были приписаны Ильинская и Стефановская церкви на Завеличье, а также переведены монахини из упразднённых обителей.
В начале XIX века в монастыре начались строительные работы. В 1805 году была возведена каменная ограда, а в 1816 году иконостас собора был вызолочен, полы заменены на деревянные. В 1840 году проведены значительные изменения: для улучшения освещения некоторые окна были расширены, другие, напротив, заложены; конструкции интерьера покрыты толстым слоем штукатурки, что исказило первоначальный облик храма.
В 1846 году был разобран ветхий придел святого апостола Андрея Первозванного, примыкавший к собору, и на его месте построена отдельная каменная церковь, полностью прилегающая южной стеной к собору. Строительство осуществлено на средства псковского купца Андрея Афанасьевича Дерябина.
Вокруг собора и церкви Андрея Первозванного располагалось кладбище, обнесённое в 1863 году деревянным забором. На монастырском кладбище были погребены три псковских губернатора: Черкасов (1856), Прутченко (1886), Пащенко (1900). В церкви Андрея Первозванного был похоронен Самуил Самуилович Фигнер, вице-губернатор Пскова в 1809–1811 годах.
