В 1510 году, после присоединения Пскова к Московскому княжеству, городской Торг был перенесён на новое место, ранее бывшее болотистым. В 1522 году, в период эпидемии моровой язвы, в центре Торга была заложена деревянная церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Согласно летописным источникам, после завершения строительства эпидемия прекратилась. В 1590 году деревянная церковь сгорела вместе с торговыми рядами во время крупного пожара. Точная дата строительства новой каменной церкви неизвестна, но в летописях за 1637 год она уже упоминается как существующая.
Архитектурно храм представляет собой типичный образец псковского зодчества. Он одноглавый, трёхапсидный, с шестнадцатискатной кровлей, притвором и папертью. В XVIII—XIX веках фасады здания подвергались обновлениям и изменениям, что привело к некоторому искажению первоначального облика. Оконные и дверные проёмы были расширены, а изразцовый пояс с надписями о строительстве храма был оштукатурен и окрашен. Северо-западный угол здания свидетельствует о наличии ранее примыкавшей постройки, вероятно, разобранной в 1810 году.
В 1920—1930-х годах церковь была закрыта и использовалась как складское помещение. Во время оккупации Пскова в 1941—1944 годах здание не пострадало. В начале 2005 года храм был передан Псковской епархии, после чего начались восстановительные работы. Была восстановлена утраченная звонница, а притвор отреставрирован путём удаления поздних пристроек XVIII—XIX веков.
В мае 2021 года решением митрополита Псковского и Порховского Тихона храму был определён статус подворья Свято-Троицкого Творожковского женского монастыря в городе Пскове. Однако 8 апреля 2023 года, по благословению правящего архиерея, храму был возвращён статус приходского.
