Село Рубцово впервые упоминается в XVI веке. По данным писцовых книг 1585–1586 годов, деревня Рубцово входила в вотчину Алексея Фёдоровича Ябедина. В XVII веке владельцами села стали Нащокины, при которых начала обустраиваться усадьба Покровское-Рубцово.
В 1745–1748 годах солдат лейб-гвардии Семёновского полка Михаил Нащокин в усадьбе построил Покровскую церковь. Первоначально здание церкви было выстроено в стиле барокко и принадлежало к довольно редкому в Подмосковье центрическому четырёхлепестковому типу храмов.
В начале XIX века Покровский храм был перестроен вместе с остальными постройками усадьбы в духе позднего классицизма. К храму пристроили обширную трапезную с приделом во имя Николая Чудотворца и трёхъярусную колокольню.
После Октябрьской революции 1917 года и установления советской власти службы в Покровском храме села Рубецкое были прекращены. Сведений о закрытии храма не имеется, так как многие храмы закрывались без решения вышестоящих органов.
В настоящее время настоятелем храма является протоиерей Максим Сычёв. При церкви работает воскресная школа.
