Первое упоминание о храме на этом месте относится к 1636 году, когда стольник Роман Фёдорович Боборыкин построил небольшую деревянную церковь в честь Воскресения Христова в деревне Сафатово на речке Песочне (ныне Песочная). Эта церковь стала предшественницей будущего Ново-Иерусалимского монастыря. В 1656 году Патриарх Никон приобрёл у Боборыкина село Воскресенское с окружающими деревнями для обустройства монастыря, который позже получил название Ново-Иерусалимский.
В 1677 году на месте обветшавшей деревянной церкви была построена новая деревянная церковь с двумя приделами. В конце 1780-х годов рядом с ней начали строительство каменной Вознесенской церкви. В 1792 году был освящён придел Илии Пророка в трапезной, а в 1805 году — весь храм. Из-за нехватки средств каменную колокольню возвели позже, продолжая использовать старую деревянную.
Во время Отечественной войны 1812 года церковь не пострадала. В 1813 году была построена новая каменная трёхъярусная колокольня. Церковь имела два помещения для богослужений: тёплое и холодное. Зимой службы проходили в трапезной, обогреваемой двумя голландскими печами. В 1875 году, благодаря пожертвованию купца Павла Григорьевича Цурикова, была установлена церковная духовая печь, что позволило отапливать весь храм.
В августе 1884 года был одобрен проект архитектора Владислава Осиповича Грудзина на постройку святых врат и каменной ограды. С 1908 по 1912 годы храм подвергся полной реконструкции в стиле неоклассицизма.
