Первое упоминание о храме в селе Микулино (ныне Никулино) относится к 1622 году. В это время село принадлежало дьяку Григорию Ларионову, который построил деревянную церковь во имя Казанской иконы Пресвятой Богородицы. В переписных книгах за 1646 год отмечается: «за дьяком за Григорием Ларионовым вотчина село Микулино, на реке на Истре, а в селе церковь Пресвятыя Богородицы Казанской, деревянная; у церкви во дворе поп Матвей, да крестьян 11 дворов».
В 1657 году село Микулино было приобретено Патриархом Никоном и приписано к Воскресенскому Ново-Иерусалимскому монастырю. После этого храм был переосвящён в честь Преображения Господня, и село стало именоваться Преображенским. В документах 1662 года село уже упоминается под новым названием.
27 июля 1781 года Преображенская церковь сгорела. Прихожане обратились в Крутицкую духовную консисторию с просьбой построить новую церковь, что было одобрено 29 октября того же года. Строительство нового деревянного храма началось в 1782 году и было завершено летом 1783 года. 30 сентября 1783 года храм был освящён в честь Преображения Господня. Архитектурно здание представляло собой восьмерик на четверике с трапезной и шатровой колокольней.
В 1929 году Преображенская церковь сгорела, и с тех пор в Никулино не было действующего храма. Однако в 2003 году на месте строительства нового храма был установлен поклонный крест, символизирующий возрождение духовной жизни в селе.
В 2009 году состоялся чин закладки нового каменного храма в честь святителя Николая Чудотворца. Архитектурно храм выполнен в традициях русского православного зодчества, сочетая элементы древнерусского стиля с современными строительными технологиями. В 2017 году было получено благословение митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия на наименование приделов при Никольском храме: Преображения Господня, Казанской иконы Божией Матери и Новомучеников и исповедников Церкви Русской Истринской земли.
14 июля 2019 года состоялось Великое освящение Никольского храма. Чин Великого освящения и Божественную литургию совершил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий.
