Первые документальные упоминания о церкви в селе Хомутово относятся к 1620-м годам. В писцовых книгах 1623–1624 годов сообщается о существовании деревянной церкви во имя Покрова Пресвятой Богородицы, построенной клетским способом. Однако в этот период храм стоял пустым, без проведения богослужений, что, вероятно, связано с малочисленностью местного населения. В селе насчитывалось всего два двора, в которых проживали две семьи. Общая площадь земельных угодий составляла около 148 гектаров, включая пашни, сенокосные угодья и леса.
В 1647 году на месте обветшавшей церкви была построена новая деревянная церковь с тем же посвящением. Однако в 1678 году переписные книги отмечают, что дворы священнослужителей при церкви пустовали, а в селе насчитывалось 10 крестьянских дворов с 38 жителями. В 1694 году, с приходом нового священника Парфения, богослужения в храме возобновились.
В 1800 году на месте деревянной церкви был возведён каменный храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Строительство осуществлялось на средства прихожан и отражало строгие и изысканные формы зрелого классицизма. Основной объём храма представлял собой двусветную ротонду с округлым алтарём и боковыми колоннадами тосканского ордера.
В 1832 году к храму была пристроена трапезная в ампирном стиле, характерной особенностью которой являлся мотив трёхчастного окна, вписанного в арочную нишу. В 1856 году трапезная была удлинена с западной стороны, и к ней пристроена массивная трёхъярусная колокольня с лаконичным убранством, характерным для позднего ампира.
В храме имеются два придела: левый — в честь святителя Николая Чудотворца и правый — в честь Казанской иконы Божией Матери.
В советский период храм продолжал функционировать и не был закрыт, что является редкостью для того времени. Однако в 1922 году из Покровского храма было изъято 33 серебряных предмета, включая ризы, венцы и оклады с икон, позолоченный крест, потир с принадлежностями и оклад Евангелия. В 1923 году была зарегистрирована религиозная община Покровского храма, что позволило сохранить его деятельность в сложные годы.
С 1933 по 1938 год настоятелем Покровской церкви села Хомутово был священник Александр Крутицкий. В августе 2000 года на Архиерейском Соборе он был причислен к лику святых Русской Православной Церкви в сонме новомучеников и исповедников российских. Он является первым канонизированным святым на Щёлковской земле. Память священномученика Александра Крутицкого отмечается 1 июля.
