В конце XIX века в деревне Щёлковой на берегу реки Клязьмы была возведена каменная часовня. 13 октября 1883 года Московская Духовная консистория рассмотрела проект часовни, после чего 24 октября 1883 года Строительное отделение при Московском губернском правлении утвердило разрешение на её строительство. Часовня стала первой церковной постройкой в деревне Щёлковой и относилась к приходу Покровского храма села Хомутова Богородского уезда.
После Октябрьской революции 1917 года часовня подверглась разрушению: большевики сняли крест, разобрали купол, а затем и каменные стены. Однако сохранилась старинная икона преподобного Серафима Саровского, которую сберегла местная жительница Мария Фёдоровна Абрамова. В начале 1990-х годов, когда Троицкий собор в Щёлкове был возвращён Русской Православной Церкви, родственники М. Ф. Абрамовой передали эту икону в собор.
В 2003 году начались работы по проектированию новой набережной на левом берегу Клязьмы между старым и новым мостами. Председатель холдинга «Щёлковский» Д. А. Барченков, руководивший проектом, предложил воссоздать на историческом месте часовню преподобного Серафима Саровского. 20 августа 2007 года митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий благословил закладку не часовни, а храма в честь преподобного Серафима Саровского.
12 октября 2007 года протоиерей Андрей Ковальчук совершил чин освящения закладки храма. 12 февраля 2009 года был установлен позолоченный купол, а 14 февраля — золочёный крест. Художники мастерской под руководством Ирины и Евгения Волковых выполнили мозаичное убранство наружных стен. 19 августа 2009 года распоряжением главы города Щёлково Т. Б. Ершовой новой набережной было присвоено имя преподобного Серафима Саровского.
29 августа 2009 года старинная икона преподобного Серафима Саровского с частицей его мощей была торжественно перенесена из Троицкого собора в новый храм. С начала 2013 года в праздничные и воскресные дни в храме стали совершаться Божественные литургии, а в будни — молебны с чтением акафистов. 20 декабря 2014 года в воссозданном храме прошёл чин Великого освящения, который совершил епископ Серпуховской Роман по благословению митрополита Ювеналия.
11 сентября 2011 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл посетил Серафимо-Саровскую набережную и храм преподобного Серафима Саровского в ходе Первосвятительского визита в Московскую епархию.
