В XVII веке село Бортниково принадлежало боярину Михаилу Борисовичу Шеину, известному своей ролью в Смутное время. В 1605 году он был воеводой в Новгороде-Северском и сохранил верность царю, несмотря на окружение самозванцев. В 1609–1611 годах Шеин возглавлял оборону Смоленска от польских войск, но после взятия города попал в плен и вернулся в Россию только в 1619 году. В благодарность за избавление от плена в 1620 году он воздвиг в Бортниково деревянную церковь в честь Преображения Господня.
В 1730-х годах село перешло во владение графов Скавронских, родственников императрицы Екатерины I. Карл Самойлович Скавронский, искренне принявший православие, в 1735 году пристроил к существующей деревянной Преображенской церкви приделы в честь Покрова Божией Матери и мученика Харлампия.
Сын Карла Скавронского, граф Мартын Карлович Скавронский, генерал-аншеф и обер-гофмейстер двора, унаследовал село. Его супруга, Мария Николаевна, урождённая Строганова, перенесла церковь из-за речки Язвины в само село Бортниково.
Существующая ныне в селе каменная церковь в честь Преображения Господня была построена по проекту архитектора Владислава Осиповича Грудзина, созданному в 1879 году. Строительство завершилось в 1895 году. Храм представляет собой краснокирпичное здание с белокаменными деталями, выполненное в стиле эклектики. Его архитектура сочетает традиционные русские мотивы с элементами классицизма, что придаёт сооружению уникальный облик.
В 1930-х годах, в период гонений на церковь, храм был закрыт и частично разрушен; утрачено пятиглавие. Диакон церкви, Николай Александрович Вознесенский, был арестован и 26 февраля 1938 года расстрелян. Здание использовалось не по назначению, что привело к его постепенному разрушению.
В 1992 году здание храма было передано общине верующих, и начались восстановительные работы. К 1996 году были восстановлены три купола на храме, и работы по реконструкции продолжаются. Восстановление храма стало важным событием для местной общины, свидетельствуя о возрождении духовной жизни в регионе.
