Село Апонитищи упоминается в исторических документах с XVII века. В окладных книгах 1676 года отмечается существование при церкви земель в 18 четвертей сенных покосов и 157 приходских дворов, среди которых 9 дворов боярских.
В 1763 году была построена новая деревянная церковь во имя Николая Чудотворца. Архитектурно церковь имела форму креста с пятигранным алтарём и куполом наверху. Внутри располагалась трапезная, отделённая аркой от главной части храма.
Церковь неоднократно подвергалась обновлениям и ремонту. В 1853 году были проведены значительные работы по восстановлению храма. В 1906 году также осуществлялись обновления, направленные на поддержание и сохранение здания.
После революции 1917 года и в период последующих политических изменений церковь продолжала функционировать. Однако в 1937 году, в условиях усиленных репрессий, настоятель храма, протоиерей Николай Житов, был арестован по обвинению в антигосударственной деятельности и расстрелян на Бутовском полигоне.
После ареста настоятеля храм был осквернён и разорён. Перед Великой Отечественной войной деревянная церковь была разобрана, и из её бревен была сложена конюшня. Однако она простояла недолго — сильный пожар уничтожил её. От Никольской церкви сохранился лишь обломок кирпичного фундамента.
В 2000 году на месте уцелевшего фундамента был установлен и освящён поклонный крест. В 2005 году началось строительство нового деревянного храма. Через два года его обложили кирпичом и возвели колокольню. 14 июня 2008 года были освящены новые колокола.
