Предтеченский храм (1693-1699) венчает Святые ворота восточной стены. Построен на средства купца Григория Строганова по проекту московских зодчих «строгановской школы». Кирпичный четверик с галереей-гульбищем опирается на массивный куб проездных ворот; первоначально имел пять глав, но в 1806 г. боковые купола сняты. Богатый декор: восьмигранные окна, резные наличники, белокаменные карнизы. Внутри сохранился иконостас 1703 г. работы костромских мастеров с редкими клеймами «Рождество Предтечи» и «Сретение в пустыне». Арка ворот несла мраморную доску о привилегиях монастыря, уничтоженную в 1930-х.
Храм пережил превращение в музей колокольного литья (1930-е), авиациклотехническую лабораторию (1944-1947), библиотеку ВИИЯ (1950-е). К 300-летию освящения (1999) восстановлены галерея-клуатр, фрески круга Симона Ушакова (под куполами на высоте 22 м) и ставни из кованой меди. В дни памяти Иоанна Предтечи (7 июля и 11 сентября) крестный ход начинается именно отсюда.
