Первое упоминание о деревянной церкви Вознесения Господня на этом месте относится к 1584–1585 годам. Строителем храма был греческий купец Василий Кондаки, проживавший в Кондаковой слободе. По преданию, храм был возведен в ответ на планы иностранных купцов построить в этом месте иноверческую кирху. Деревянная церковь сгорела в пожаре 26 августа 1667 года.
Каменный пятиглавый храм был заложен в 1677 году по инициативе священника Петра и освящен в мае 1682 года. Главный престол был посвящен Вознесению Господню. В 1706 году в алтарной части был устроен придел во имя преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, а в 1810 году на средства купчихи А.Ф. Красильниковой в галерее храма был освящен теплый придел в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость».
В 1736 году интерьер храма был расписан ярославской артелью под руководством Алексея Соплякова, Ивана Горина и Андрея Шустова на средства купцов А.М. Затрапезнова и И.Ф. Гурьева. Росписи включали изображения «Отечества» в центральном куполе, евангелистов на парусах, двунадесятых праздников на сводах и сцен из жизни апостолов на столбах. В 1844 году живопись алтарей была поновлена клеевой техникой.
Теплая Сретенская церковь была построена в камне в 1689–1691 годах, а в 1790 году перестроена в стиле барокко на средства фабриканта Г.Ф. Гурьева. В 1745 году у западного входа в Вознесенскую церковь была возведена четырехъярусная колокольня с колоколами, самый большой из которых весил 490 пудов.
В июле 1918 года храмы пострадали от артиллерийского обстрела во время Ярославского восстания. В 1929 году приход был закрыт, колокольня разрушена, а здания использовались под трамвайное депо, клуб и библиотеку. В 2006 году храмовый комплекс был передан Ярославской епархии, после чего начались восстановительные работы.