Согласно «Сказанию о построении Вознесения деревянной церкви», в 1584 году на территории Кондаковой слободы, богатый ярославский купец греческого происхождения Василий Кондаки, обеспокоенный намерением иностранных торговцев построить католический костёл, инициировал возведение деревянной церкви во имя Вознесения Господня. Этот храм стал первым на данном месте.
В августе 1667 года деревянная церковь была уничтожена пожаром. В декабре 1677 года священник Пётр получил благословение на строительство каменного храма. К маю 1682 года строительство было завершено, и новый пятиглавый храм был освящён. Его архитектурные пропорции послужили образцом для последующего строительства Фёдоровской церкви в Ярославле.
В 1706 году, с благословения митрополита Димитрия Ростовского, в алтарной части храма был освящён придел во имя преподобных Зосимы и Савватия Соловецких. В 1736 году артель ярославских мастеров под руководством Алексея Соплякова расписала стены храма фресками на средства прихожан Андрея Максимова Затрапезнова и Ивана Фёдоровича Гурьева.
В 1745 году фабрикант Гурьев профинансировал строительство четырёхъярусной колокольни у западного входа в храм. В конце XVIII века тёплая Сретенская церковь, первоначально построенная в 1689–1691 годах, была перестроена в стиле елизаветинского барокко, что придало ансамблю новые архитектурные черты.
В 1810 году в галерее храма был устроен придел во имя иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» на средства купчихи А. Ф. Красильниковой. В 1825 году известный ярославский иконописец В. В. Сарафанников обновил росписи храма.
В 1918 году, во время Ярославского восстания, храм значительно пострадал: его стены и главы были повреждены снарядами, а колокола упали с колокольни. После реставрации, финансируемой церковной общиной, храм продолжил функционировать до 1929 года, когда был официально закрыт, а колокольня разобрана. В последующие десятилетия здание использовалось для различных хозяйственных нужд, включая размещение трамвайного парка.
