Мужской монастырь во имя святого Иоанна Предтечи в Новосибирске ведет свою историю с 6 октября 1999 года, когда Священный Синод Русской Православной Церкви учредил мужской монастырь во имя мученика Евгения Севастийского. Первоначально обитель располагалась при храме мученика Евгения, построенном в 1993 году возле Заельцовского кладбища. Храм был возведен на средства благотворительницы в память о погибшем сыне, небесным покровителем которого являлся мученик Евгений.
23 марта 2001 года по благословению архиерея монастырь был переведен в микрорайон ОбьГЭС Советского района Новосибирска, где разместился при строящемся храме Архистратига Михаила. История этого храма восходит к 1914 году, когда в селе Нижние Чёмы (ныне микрорайон ОбьГЭС) был построен деревянный храм во имя Архистратига Михаила. Храм был закрыт в 1937 году, а в 1953 году полностью разобран при строительстве Новосибирской ГЭС.
В 1993 году, к 100-летию Новосибирска, православной общине был выделен земельный участок для строительства нового храма. В 1996 году состоялась закладка храма, а к 2003 году строительство было завершено. Храм представляет собой кирпичное сооружение в русском стиле с восьмигранным основным объемом, завершенным главой, с галереями и колокольней под луковичным куполом. В цокольном этаже устроен придел во имя равноапостольной Марии Магдалины.
27 марта 2007 года решением Священного Синода монастырь мученика Евгения был переименован в епархиальный мужской монастырь во имя святого Иоанна Предтечи. На территории монастыря находятся два храма: главный - в честь Архистратига Михаила, и малый - в честь Рождества Иоанна Предтечи. Также имеется водосвятная часовня в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник», построенная в 2007 году.
В 2000-х годах на территории монастыря были возведены братский корпус (2004), ограда с башнями и святыми воротами. С 2001 года при монастыре действует православный детский сад, преобразованный позднее в Центр социальной помощи «Покров». Монастырь осуществляет духовное окормление социальных учреждений Новосибирска и области.