Храм во имя святителя Николая Чудотворца в микрорайоне Нижняя Ельцовка города Новосибирска был основан в 1998 году. Инициатива создания прихода исходила от группы жителей, обратившихся к духовенству после освящения престола в Благовещенском храме 19 декабря 1997 года. Первые молебны совершались в различных временных местах: у детского клуба «Рассвет», в школе №102, на улице возле разрушенной пристройки к жилому дому.
Здание будущего храма первоначально принадлежало Алтае-Саянской геодезической сейсмологической экспедиции и предназначалось к списанию. Исторически на этом месте находился дом семьи храмостроителей, возводивших до революции деревянные храмы в селе Барышево и окрестных населённых пунктах. По свидетельствам местных жителей, в 1920-е годы поблизости был расстрелян священник, что стало дополнительным символическим основанием для выбора места.
11 сентября 1998 года, в день Усекновения главы Иоанна Предтечи, состоялось освящение храма. Первая Божественная литургия была совершена 13 сентября того же года. Храмовая икона святителя Николая была написана в иконописной мастерской Троице-Сергиевой Лавры. В архитектурном отношении здание представляет собой перестроенное помещение с ориентацией длинной оси на восток, что позволило организовать алтарную часть без значительных конструктивных изменений.
Приход сформировался как община жителей микрорайона Нижняя Ельцовка. В первые годы существования храма богослужения совершались по воскресным и праздничным дням. Внутреннее убранство создавалось силами прихожан, включая очистку помещения от перегородок, ремонт кровли и стен, устройство пола. Историческая преемственность подчёркивается тем, что строительные работы также выполнялись отцом и сыном, продолжавшими традиции дореволюционных храмостроителей.
