Храм Рождества Пресвятой Богородицы в Новосибирске был основан в декабре 1993 года, когда иерей получил благословение на строительство. Земельный участок под строительство был выделен в 1994 году. Храм расположен в лесном массиве на берегу пруда в Академгородке. 15 января 1995 года состоялось освящение креста, земли и закладного камня в основание храма. В январе-феврале 1995 года было построено временное помещение, где начали совершаться богослужения.
Деревянный храм был возведен за одиннадцать месяцев и освящен 6 января 1996 года. Вместимость храма составляет 150 человек. Архитектором деревянного храма выступил Сергей Николаевич Кульба. Строительство велось при активном участии прихожан и благотворителей. Колокола для храма были отлиты на Московском заводе имени Лихачева, причем олово для их изготовления предоставил Новосибирский оловозавод.
В 1996 году началось строительство каменного храма в честь Святой Троицы, который впоследствии вошел в единый храмовый комплекс с Богородице-Рождественским храмом. Нулевой цикл каменного храма был построен в январе 1997 года. Архитектором каменного храма стал Владимир Алексеевич Иванов. Освящение Троицкого храма состоялось 19 декабря 2001 года.
На территории прихода в 1995 году была открыта воскресная школа для детей, а в августе 1999 года начал работу первый класс православной гимназии. Приход ведет активную образовательную деятельность, включая богословско-катехизаторские курсы для взрослых.
Храм Рождества Пресвятой Богородицы является частью храмового комплекса, который включает в себя также Троицкий храм и другие постройки. Комплекс расположен в нижней зоне Академгородка, отделенной от жилых кварталов лесным массивом. Приход относится к Новосибирской епархии Русской Православной Церкви.
