Основание обители относится к 1632 году, когда инок Матфей, прибывший из Киева, поселился в селе Прудищи Нижегородского уезда. Вскоре к нему присоединился местный крестьянин Илларион, принявший постриг с именем Иларий. Они обосновались у источника Булач, где соорудили себе жилище. Позднее к ним присоединились монах Маркел из Макарьевского монастыря и пустынножитель Макарий. Владелец Прудищ, воевода Иван Леонтьев, пожертвовал участок земли для создания монастыря, а патриарх Иосиф благословил его основание.
В период с 1647 по 1653 годы в монастыре были построены каменные храмы: Крестовоздвиженский собор, Михайло-Архангельская и Троицкая церкви. Зодчие, работавшие над этими сооружениями, возможно, впоследствии участвовали в строительстве ансамбля Макарьевского Желтоводского монастыря.
Во второй половине XVII века обитель достигла расцвета. Число насельников при митрополите Павле достигало 80 человек. Монастырь имел крепкое хозяйство, включавшее скотный двор, две мукомольные мельницы при прудах, сад, пчельник, рыбные ловли на реке Суре и на озерах в устье речки Курмышки. Иноки самостоятельно обрабатывали землю и мололи хлеб. Помимо хозяйственной деятельности, они уделяли внимание литературной работе, собрав богатую библиотеку.
В царствование Петра I монастырское хозяйство пришло в упадок. С 1705 года монастырские мельницы, рыбные ловли и постоялые дворы были обложены пошлиной. К 1720 году площадь монастырской запашки уменьшилась до 9 десятин, а число братии сократилось до 26 человек. В 1717 году монастырь подвергся ограблению крестьянами из соседних деревень. В 1721 году, согласно указу, Крестомаровская пустынь была приписана к Оранскому монастырю.
К середине XVIII века в монастыре оставалось не более 10 монахов. Храмы обветшали, и их восстановление было затруднено из-за отсутствия средств. Михаило-Архангельская церковь сильно пострадала от пожара и не использовалась для богослужений. В летнее время службы проводились в холодном Крестовоздвиженском соборе, а зимой — в тёплой Успенской церкви.
В 1870-х годах чуваш Иван Петрович, заботясь о возрождении обители, построил деревянную часовню и келью. После его смерти, на средства попечителя Николая Демидова, в 1885 году рядом с деревянной была выстроена каменная часовня. 6 июля 1887 года епископ Балахнинский Димитрий (Самбикин) посетил развалины монастыря и благословил начавшееся возрождение обители. В 1901 году была освящена деревянная Троицкая церковь, главной святыней которой стала икона Божией Матери «Избавительница», написанная в Иерусалиме в конце XIX века.
В 1927 году община была закрыта, Троицкую церковь разобрали, а недостроенный собор взорвали. Во времена антирелигиозной политики монастырь был разрушен до основания, сохранился только фундамент каменной монастырской стены.
В 1997 году на месте алтаря бывшей Троицкой церкви был установлен деревянный крест, а в 1999 году здесь прошла литургия. Митрополит Нижегородский и Арзамасский Николай благословил создание часовни, и было основано Маровское Крестовоздвиженское братство.
В 2008 году архиепископ Нижегородский и Арзамасский Георгий благословил строительство монастыря. Летом 2009 года Инвестиционный совет при губернаторе Нижегородской области утвердил проект восстановления Крестовоздвиженского Маровского женского монастыря. Согласно проекту, монастырь будет обнесен каменной стеной, в нем запланированы четыре надвратных храма, Крестовоздвиженский собор с колокольней, Никольская деревянная церковь. На территории обители также планируется строительство архиерейского и игуменского корпусов, сестринских келий, медицинского и просветительского центров, гостиницы для паломников, купальни и мастерских.
