Село Варганы расположено на реке Имза и входит в состав Барминского сельсовета.
Первая известная церковь на этом месте была деревянной и построена в 1784 году. В 1897 году, благодаря усилиям местных жителей и прихожан, была возведена каменная церковь Илии Пророка с трапезной и колокольней. Архитектурный стиль храма сочетает элементы эклектики, отражая переходные формы от традиционного русского зодчества к более современным течениям того времени.
В советский период, в конце 1930-х годов, церковь была закрыта, и её здание использовалось для хозяйственных нужд, что привело к утрате первоначального убранства и части архитектурных элементов. Однако, благодаря усилиям местных жителей, началась реставрация храма. В 1990-е годы были проведены работы по восстановлению утраченных частей здания, включая восстановление пятиглавия и других элементов.
Особое внимание стоит уделить священнику Порфирию Михайловичу Колосовскому, который служил в храме в период с 1910 по 1937 годы. Он был арестован и расстрелян в 1937 году. В 2000 году был канонизирован Русской Православной Церковью как священномученик.
