Село Николо-Кропотки упоминается в исторических документах XVII века. В Дмитровской писцовой книге 1628–1629 годов зафиксировано, что село принадлежало Афанасию и Дмитрию Васильевым, детям Собакина, и в нём находилась деревянная церковь во имя святителя Николая Чудотворца. В клировой ведомости за 1789 год в селе уже значатся две церкви: Никольская, построенная в 1670 году, и Казанская, возведённая в 1789 году. Однако в конце 1850-х годов деревянная Казанская церковь сгорела, что обусловило необходимость строительства нового храма.
Строительство каменного храма началось в 1861 году на средства местных крестьян. Важным поводом для его постройки послужила отмена крепостного права в 1861 году, что вдохновило крестьян на возведение собственного храма. Строительство было завершено в 1863 году. Главный престол новой церкви был освящён в честь Казанской иконы Божией Матери, а два других — во имя святителя Николая Чудотворца и Обретения главы Иоанна Предтечи.
Архитектурно храм выполнен в русском стиле. Он представляет собой четырёхстолпный односветный четверик. Первоначально здание, предположительно, было пятиглавым, однако в последующие годы колокольня и венчание здания были утрачены.
В 1930-е годы, в период гонений на церковь, храм был закрыт. В 1939 году была полностью уничтожена его венчающая часть, а ограда разобрана. После Великой Отечественной войны здание использовалось как колхозный склад, а затем было заброшено и находилось в руинированном состоянии.
До настоящего времени реставрационные работы не проводились, и церковная община при храме не зарегистрирована. Несмотря на это, ежегодно в день празднования явления Казанской иконы Божией Матери возле руин храма совершается молебен. Периодически добровольцы из числа местных жителей и активистов проводят субботники на прилегающей к храму территории, убирая мусор и срезая дикорастущий кустарник. Благотворительным фондом Московской епархии по восстановлению порушенных святынь рассматривается вопрос о ремонте здания храма.
