Впервые село Кишкино упоминается в писцовой книге 1577 года как село Кишкино, Оленино тож, с церковью Рождества Пресвятой Богородицы. В конце XVIII века владельцами села были Оленины, при которых началось строительство усадьбы Богородское, также известной как Кишкино-Пустое. От этой усадьбы сохранились остатки парка и несколько строений, являющихся памятниками архитектуры федерального значения.
Каменный храм в честь Казанской иконы Божией Матери был построен в 1780 году помещицей Натальей Ольцевой рядом с полуразрушенной деревянной церковью. После завершения строительства деревянная церковь была разобрана, а новая освящена в честь Казанской иконы Божией Матери с часовней в честь святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова.
Архитектурно храм выполнен в стиле раннего классицизма, характерного для второй половины XVIII века. Здание представляет собой однокупольную постройку с трапезной и колокольней. Фасады украшены пилястрами и наличниками, придающими сооружению торжественный и монументальный облик.
Главной святыней храма являлась чудотворная икона Казанской Божией Матери. В 1871 году, во время эпидемии холеры в посёлке Хатунь, священник и местные жители обратились к кишкинским клирикам с просьбой привезти чудотворную икону для крестного хода. После прибытия иконы в Хатунь эпидемия отступила. С тех пор ежегодно 1 августа совершается крестный ход из Кишкино в Хатунь в память об этом событии.
В 1901 году храм, ограда и церковный дом были расписаны масляной краской. Старая люстра была заменена на новую, приобретённую за 400 рублей. В приходе Казанского храма действовали две школы: приходская церковь Кишкино, основанная в 1889 году, и Кошелевская земская школа, основанная в 1914 году.
В 1907 году церковь посетил епископ Трифон (Туркестанов). В ограде храма похоронены родители новомученика Российского священномученика Михаила (Успенского) — псаломщика Алексея Фёдоровича и Александры Романовой Успенской.
В 1941 году в церковь попала немецкая бомба. Храм действовал до 1949 года. В 1947 году последний настоятель храма перестал служить по болезни и вскоре скончался. Верующие приглашали священников из других приходов, но после того как стало ясно, что постоянного настоятеля не будет, в 1949 году всё ценное имущество храма было передано в Казанский храм села Киясово из-за опасений за его сохранность. Из-за отсутствия настоятеля храм постепенно разграбили. Официально храм не закрывался; причиной прекращения его деятельности стало отсутствие настоятеля. В 1950-х годах здание церкви перешло к местному колхозу. В 1970–1980-х годах оно использовалось пионерским лагерем, организованным на месте бывшей усадьбы Кавецких.
Возрождение церковно-приходской жизни началось в середине 1990-х годов, когда были предприняты усилия по восстановлению храма. Кресты и купола были обновлены и отреставрированы, крыша покрыта оцинкованным железом, установлены двери и окна. Часовня в честь апостола Иоанна Богослова была оштукатурена и побелена. С 2011 года храм принадлежит Малинскому благочинию.
