До возведения каменного храма на этом месте существовали три деревянные церкви, посвящённые Покрову Пресвятой Богородицы. Первая из них была построена в середине XVII века в юго-западной части посада, примерно в районе пересечения современных проспекта Мира и улицы 9 Января. В результате пожара 1773 года, уничтожившего Красноярский острог и большую часть города, эта церковь сгорела.
После пожара жители города приняли решение о строительстве нового храма из камня. В 1785 году на пересечении главной магистрали города, Воскресенской улицы (ныне проспект Мира), с Покровским переулком (ныне улица Сурикова) была заложена каменная Покровская церковь. Разрешение на строительство было получено прихожанами во главе с церковным старостой Даниилом Черкасовым и священником Михаилом Терским. Строительство велось на средства прихожан и пожертвования жителей Красноярска и Красноярского уезда под руководством отставного дворянина Михаила Юшкова. В строительстве участвовали мастера из Енисейска: Степан Лещёв, Василий Гатилов, Иван Помаскин, Алексей Казаретин, братья Иван и Савва Фёдоровы.
Изначально предполагалось назвать новую церковь в честь Богоявления, однако по результатам голосования прихожан 2 апреля 1785 года храм был назван в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
К 1789 году строительство здания было завершено, и в том же году в строящуюся церковь перенесли часть убранства и икон из деревянного храма Покрова, который впоследствии был переименован в Благовещенский. В 1790 году состоялось освящение двух боковых приделов: 8 января — во имя апостолов Петра и Павла, 30 сентября — во имя святителя Николая Чудотворца. Главный престол во имя Покрова Пресвятой Богородицы был освящён 30 июня 1795 года, после чего храм начал полноценное функционирование.
Архитектурно храм выполнен в традициях сибирского барокко. Он представляет собой одноэтажное здание с пятиглавым четвериком, завершённым ярусными барабанами глав, двухпридельной трапезной и колокольней. Декор храма богат и включает элементы фигурного и тесаного кирпича, а также лепнину. В 1871–1872 годах по проекту архитектора Судовского были выполнены пристройки с западной стороны, что расширило здание и повторило декор старинной части. В этих работах принимали участие каменщик Мишин, штукатур Кротов и печник Зубов.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт. В 1944 году его вновь открыли для богослужений, однако в 1961 году церковь снова закрыли, и здание было передано под скульптурные мастерские. Несмотря на это, здание поддерживалось в порядке и использовалось как выставочный зал. В 1989 году храм был возвращён верующим, после чего проведён косметический ремонт с раскраской стен и сводов в интерьере. Был возвращён главный иконостас из Троицкой церкви Красноярска, а боковые вновь выполнены.
