Монастырь был основан в XV веке как мужская обитель и первоначально располагался в Замоскворечье, в районе современной Пятницкой улицы. В 1530-е годы монастырь был перенесён на Кулишки, к югу от Владимирской церкви, где ранее находилась заброшенная великокняжеская усадьба. После перемещения обитель стала женской, сохранив прежнее посвящение, и получила название Иоанно-Предтеченский девичий монастырь.
В начале XVII века монастырь подвергся разорению во время польско-литовской интервенции. Однако уже в 1640-х годах, по инициативе царя Михаила Фёдоровича, была проведена масштабная программа благоустройства обители. В этот период возведена каменная колокольня, для которой по указу царя отлили колокол.
В XVIII веке монастырь продолжал развиваться, становясь значимым духовным центром Москвы. Однако в 1812 году, во время Отечественной войны, обитель оказалась в центре пожара и полностью сгорела. После этого монастырь был упразднён и долгое время не восстанавливался.
Возрождение монастыря началось в 1860 году по благословению святителя Филарета (Дроздова). В период с 1860 по 1879 годы обитель была отстроена заново с использованием подклетов старых зданий. Архитектором восстановления выступил Михаил Доримедонтович Быковский (1801–1885), известный московский зодчий. Новый архитектурный облик монастыря был выполнен в стиле неоренессанс и стал вершиной творчества архитектора.
В конце XIX – начале XX века монастырь продолжал свою деятельность, оставаясь важным духовным центром. Однако после Октябрьской революции 1917 года обитель, как и многие другие религиозные учреждения, столкнулась с трудностями. В советский период монастырь был закрыт, а его здания использовались для различных хозяйственных нужд.
Возрождение монастыря началось в конце XX века. В 1992 году обитель была возвращена Русской Православной Церкви и получила статус ставропигиального женского монастыря. С этого времени начались работы по восстановлению храмов и монастырских зданий, а также возобновилась монашеская жизнь.
Сегодня Иоанно-Предтеченский ставропигиальный женский монастырь является действующей обителью, где совершаются регулярные богослужения и ведётся активная духовно-просветительская деятельность. Монастырь также служит местом паломничества для верующих, стремящихся прикоснуться к богатому духовному наследию обители.
Архитектурный ансамбль монастыря включает в себя несколько храмов и монастырских зданий, выполненных в стиле неоренессанс. Главный собор обители отличается изысканностью и величественностью, отражая лучшие традиции русского церковного зодчества XIX века.
