Иоанно-Предтеченский мужской монастырь в Астрахани основан не позднее 1688 года при митрополите Астраханском и Терском Савватии. Первое документальное упоминание относится к 1688 году, когда строитель монастыря старец Александр с братией обратились к митрополиту с просьбой разрешить строительство каменного храма в честь Святого Пророка и Предтечи Господня Иоанна. Это свидетельствует о существовании обители до указанной даты, вероятно, с деревянным храмом того же имени.
В 1692 году монастырь пострадал от эпидемии чумы, в результате которой погибли почти все насельники, включая старца Александра. Каменный храм был достроен и освящен 19 октября 1697 года. В тот же период возведена двухъярусная колокольня над Святыми вратами, а территория обнесена каменными стенами с башенками по углам.
В 1706 году монастырь стал опорной точкой для правительственных войск фельдмаршала Б.П. Шереметьева во время подавления Астраханского восстания. В стенах обители были устроены бойницы для обороны от мятежников.
В 1723 году монастырь был закрыт по инициативе астраханского губернатора А.П. Волынского и преобразован в гарнизонный госпиталь. Богослужения продолжали совершаться белым духовенством. В 1727 году обитель возвращена епархиальному ведомству по требованию епископа Варлаама (Леницкого).
В XVIII-XIX веках монастырский комплекс значительно расширился. В 1737 году в первом ярусе колокольни устроен храм во имя святого мученика Иоанна Воина. В 1756 году построена малая церковь в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радость». В 1895-1899 годах на месте ветхих построек возведен трехпрестольный Сретенский храм с приделами.
В 1919 году монастырь закрыт советской властью. Храмы продолжали действовать до 1929 года, после чего были разрушены собор Иоанна Предтечи и колокольня с церковью Иоанна Воина. Сохранившийся Сретенский храм использовался как складское помещение.
В 1989 году Сретенский храм возвращен Русской Православной Церкви и переосвящен в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи. В 1995 году Священный Синод принял решение о возрождении монашеской жизни в обители. С этого времени ведется восстановление монастырского комплекса.