Храм святого мученика Иоанна Воина был устроен в 1737 году при архимандрите Аркадии в первом ярусе двухъярусной колокольни Иоанно-Предтеченского монастыря. Колокольня над западными вратами монастыря была построена в конце XVII века одновременно с каменным соборным храмом обители.
Архитектурное решение колокольни представляло собой образец нарышкинского барокко. Нижний четверик с двумя арочными проездами венчал восьмерик храма, окруженный открытой папертью. Второй ярус звона имел шестигранную форму с шестью арочными проемами. Завершала сооружение шатровая кровля в виде восьмигранного конуса с 24 слуховыми окнами.
Внутреннее пространство храма Иоанна Воина было компактным, с восьмигранным сомкнутым сводом диаметром около 32 метров. В храме располагался трехъярусный деревянный иконостас с 24 иконами. Из храма вела лестница в толще стены, ведущая на ярус звона.
В декабре 1929 года было принято решение о закрытии храма Иоанна Воина и соборного храма Усекновения главы Иоанна Предтечи в связи с их ветхим состоянием. Оба храма были закрыты в 1930 году и вскоре снесены. Колокольня с храмом Иоанна Воина была окончательно разобрана в 1940 году.
Иоанно-Предтеченский монастырь, на территории которого находился храм, был основан в 1688 году при митрополите Савватии. В 1706 году монастырь стал опорным пунктом правительственных войск во время подавления Астраханского восстания. В 1723 году монастырь был временно упразднен и превращен в лазарет, но в 1727 году восстановлен.
В 1995 году Иоанно-Предтеченский монастырь был возвращен Русской Православной Церкви. Началось восстановление монастырского комплекса, однако храм Иоанна Воина на колокольне до настоящего времени не воссоздан.
