Первое упоминание о церкви пророка Илии в Верее относится к 1625 году, когда в писцовых книгах Верейского уезда зафиксировано «церковное место». К 1637 году на этом месте уже существовала деревянная церковь во имя пророка Илии. В 1692 году, по указу патриарха Адриана и по просьбе местных жителей, было разрешено строительство новой деревянной церкви на том же месте. 16 декабря 1694 года новая церковь была освящена. В 1711 году рядом с Ильинской церковью была построена тёплая деревянная церковь в честь Казанской иконы Божией Матери.
В 1722 году началось строительство каменного здания храма, которое было завершено в 1803 году. Новый храм представлял собой двухэтажное кирпичное сооружение в стиле раннего классицизма с элементами барокко. Он был четырёхстолпным, пятиглавым, с небольшой трапезной и трёхъярусной колокольней. Нижний, тёплый храм был освящён в честь Казанской иконы Божией Матери, а верхний, летний — во имя пророка Илии.
После революции 1917 года храм продолжал функционировать, однако в 1932 году местные власти предприняли попытку его закрытия. Тем не менее, благодаря вмешательству ВЦИК, храм продолжил свою деятельность. 31 июля 1937 года настоятель храма, протоиерей Пётр Пушкинский, был арестован по обвинению в контрреволюционной деятельности и расстрелян 13 октября 1937 года на Бутовском полигоне. После этого храм был закрыт, и его здание использовалось в различных хозяйственных целях.
В 1947 году, после Великой Отечественной войны, храм был вновь открыт для богослужений. С тех пор он остаётся действующим и является центром духовной жизни города Вереи. Постановлением Совета Министров РСФСР № 1327 от 30 августа 1960 года храму был присвоен статус памятника архитектуры регионального значения.
Архитектурно храм представляет собой двухэтажное кирпичное здание с небольшой трапезной и трёхъярусной колокольней. Четверик верхнего храма увенчан пятью главами, что придаёт сооружению величественный облик. Фасады украшены элементами декора, характерными для стиля раннего классицизма с элементами барокко.
