На месте нынешнего храма изначально существовала деревянная церковь, посвящённая святым бессребреникам Косьме и Дамиану. Сведения о её постройке относятся к 1673 году. Однако к концу XVIII века деревянное сооружение обветшало, и возникла необходимость в строительстве нового храма. В 1777 году, на средства верейского купца Михаила Егоровича Седельникова, была заложена кирпичная церковь в стиле барокко, посвящённая Богоявлению Господню с приделом в честь святых Косьмы и Дамиана. Строительство основного здания завершилось в 1781 году, а в период с 1782 по 1786 годы была возведена трёхъярусная кирпичная колокольня.
Архитектурно храм представляет собой бесстолпное здание типа «восьмерик на четверике» с ярко выраженной ярусной композицией. Основное здание связано с трёхъярусной шатровой колокольней через небольшую низкую трапезную, в которой размещался придел святых Косьмы и Дамиана. Такая композиция характерна для церковного зодчества последней четверти XVIII века в стиле барокко.
В конце 1930-х годов, в период гонений на церковь, храм был закрыт и использовался под продуктовый магазин. Во время Великой Отечественной войны здание храма сильно пострадало: был разобран пол, повреждены стены и кровля. В 1960 году церковь была признана памятником архитектуры регионального значения. Реставрационные работы проводились в 1967—1969 годах трестом «Мособлстройреставрация» под руководством архитектора-реставратора Н.Н. Свешникова.
В июле 2004 года храм был передан Русской Православной Церкви, и была зарегистрирована православная религиозная организация прихода. С этого момента начались активные восстановительные работы. В период с 2004 по 2007 годы храм был оштукатурен внутри и снаружи, побелен, полностью заменена кровля, установлены новые главки и кресты. Были заменены оконные рамы, установлены новые двери, в трапезной выложен новый пол. Проведены коммуникации: электричество, газ и отопление. Территория вокруг храма была облагорожена и огорожена металлической оградой. На колокольню подняты семь новых колоколов. Придел святых Косьмы и Дамиана обрел новый иконостас, также был обновлён иконостас центрального Богоявленского алтаря.
В декабре 2011 года при храме была организована воскресная школа для детей, где проводятся занятия по основам веры, значению православных праздников и обрядов. Также с детьми проводятся развивающие занятия и паломнические поездки. В 2015 году было принято решение о создании на территории храма духовно-досугового центра «Храм и семья» для жителей района Заречье города Вереи. Территория храма открыта для всех желающих, продолжаются работы по благоустройству в соответствии с планом.
