Деревня Владычино впервые упоминается в Коломенских писцовых книгах 1578 года как «вотчина Коломенского Владыки». В то время в селе находились две церкви: Рождества Христова и теплая церковь Покрова Пресвятой Богородицы. В последующих столетиях информация о Покровской церкви исчезает из документов, и внимание сосредотачивается на Христорождественской.
25 июня 1787 года Христорождественская церковь сгорела, уцелели лишь антиминс, сосуды, книги и церковная утварь. В сентябре того же года община приобрела бездействующую деревянную церковь в селе Шеино с разрешения Святейшего Синода и перенесла её в Владычино. 2 июня 1789 года новая деревянная церковь Рождества Христова с приделом Покрова Пресвятой Богородицы была освящена егорьевским благочинным Георгием Терентьевым.
В 1898 году началось строительство каменного храма, которое продолжалось до 1911 года. В 1899 году были освящены приделы: левый — в честь Покрова Пресвятой Богородицы, правый — во имя мучеников Флора и Лавра и преподобного Сергия Радонежского. В 1905 году освятили главный престол в честь Рождества Христова. В 1916 году завершилось строительство каменной колокольни, на которой размещались пять колоколов, самый большой из которых весил около 4 тонн, а также установлены часы с курантами.
После революции 1917 года, в 1940 году, храм был закрыт и использовался совхозом «Борьба». После распада совхоза здание было полностью разорено.
В 1999 году при храме была зарегистрирована православная община. В 2003 году начались реставрационные работы: установлен временный иконостас, престол, возобновились богослужения. В настоящее время храм продолжает действовать, проводятся регулярные богослужения по воскресным и праздничным дням.
