Первое упоминание о храме в селе Клекотки относится к 1740 году, когда на средства князя Ивана Андреевича Голицына была возведена деревянная церковь во имя Богоявления Господня. К середине XIX века здание обветшало, и в 1848 году помещик Федор Иванович Страхов построил новую деревянную церковь на свои средства. Однако и она не сохранилась до наших дней, будучи уничтоженной в советское время.
В 1888 году началось строительство нового каменного храма, обусловленное увеличением численности населения села, достигшей к тому времени 3000 человек. Сначала с северной стороны старой деревянной Богоявленской церкви была построена колокольня, а в 1891 году началось возведение основного здания нового храма. В 1899 году храм был освящён во имя Богоявления Господня. Архитектурный облик храма соответствует стилю русской эклектики конца XIX века, с элементами кирпичной готики. Здание выполнено из красного кирпича, имеет вытянутый прямоугольный план с полукруглой апсидой и трапезной. Колокольня, возведённая в 1888 году, представляет собой четырёхъярусную башню с арочными проёмами и декоративными элементами.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной кампании, храм был закрыт, и его здание использовалось для хозяйственных нужд. В 1990-х годах, после распада Советского Союза и восстановления свободы вероисповедания, храм был возвращён верующим. С тех пор он функционирует как Крестовоздвиженский храм, освящённый в честь Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня. Престольный праздник отмечается 14 (27) сентября.
