Первое упоминание о деревянной Архангельской церкви в селе Малинки относится к 1676 году. В окладных книгах указано, что церковный причт не имел собственной земли, а приход насчитывал 162 двора, включая 5 боярских. Налоговые отчисления храма составляли 2 рубля 27 алтын 4 деньги. В феврале 1679 года священник Потап с причтом обратился к митрополиту Рязанскому и Муромскому Иосифу с прошением о снижении податей для новых приходов в деревнях Гагарине и Ольховце. В ответ был издан указ о снижении годового налога до 1 рубля 11 алтын с деньгой.
К середине XVIII века первоначальный деревянный храм пришел в ветхость и был заменен новым срубом, возведенным на средства прихожан. В 1787 году на месте деревянной церкви был построен каменный храм в стиле классицизма. Строительство осуществлено на средства владельца села, тайного советника и сенатора Алексея Петровича Мельгунова. Храм освящен в честь Архангела Михаила с приделом святителя Димитрия Ростовского. Позднее был устроен третий придел в честь Воздвижения Креста Господня.
По данным клировой ведомости 1915 года, храм представлял собой каменное здание с колокольней, покрытое железом. В приход входили село Малинки (166 дворов), деревня Дорогинка (58 дворов) и деревня Рябцево (18 дворов). Общая численность прихожан составляла 1112 мужчин и 1088 женщин. За церковью было закреплено 36 десятин земли (3 десятины усадебной и 33 десятины пахотной). В собственности храма находились 48 торговых лавок в двух каменных корпусах.
С 1965 по 1988 год храм был закрыт и использовался как зернохранилище. В этот период утрачена значительная часть церковного убранства, включая иконы. В июне 1988 года храм был вновь открыт архиепископом Рязанским и Касимовским Симоном. В 1990-х годах проведены реставрационные работы, включая роспись стен библейскими сюжетами. Архитектурный облик храма соответствует традициям классицизма конца XVIII века.