Село Панино, ранее известное как Панины Пруды, впервые упоминается в писцовых книгах 1637–1638 годов. В 1684 году оно относилось к приходу села Агломазово. После упразднения церкви в Агломазове в 1770 году в Паниных Прудах была построена церковь в честь великомученицы Параскевы Пятницы, возможно, перенесённая из Агломазова. В 1790 году при церкви был устроен придел в честь святителя Николая Чудотворца, освящённый в 1794 году. К 1851 году деревянная церковь пришла в ветхость и была заменена новой деревянной церковью с тем же посвящением и Никольским приделом.
В 1896 году было получено разрешение на строительство нового каменного храма. Каменная церковь с колокольней была возведена в 1903 году на средства священно- и церковнослужителей, прихожан и благотворителей, среди которых были Гавриил Петров, потомственный дворянин Иван Коншин и Иоанн Кронштадтский. Храм имел два престола: главный — во имя святой великомученицы Параскевы Пятницы и придел — во имя святителя Николая Чудотворца. При храме находилась деревянная сторожка, в которой размещалась церковно-приходская школа, содержавшаяся на общественные средства. В 1914 году в школе обучалось 176 мальчиков и 96 девочек. Заведующим и законоучителем с 1911 года был священник Иван Троицкий, а с 1902 года вторым законоучителем служил диакон Николай Добродеев.
К 1891 году церковному приходу принадлежали 4,5 десятины усадебной земли, 65 десятин пахотной, 3,5 десятины сенокосной и 18 десятин неудобной земли, всего 91 десятина. Церковная земля была песчаной и приносила доход до 200 рублей в год. В состав прихода входили село Панины Пруды (328 дворов), деревни Агломазово (18 дворов) и Уродово (9 дворов), с общим населением 1248 мужчин и 1327 женщин. В причте состояли священник, дьякон и псаломщик.
15 июля 1940 года церковь была закрыта, её здание использовалось под школу, а затем под нужды колхоза. В этот период были утрачены многие иконы и церковная утварь. Хранение в церкви химических удобрений уничтожило росписи и негативно повлияло на состояние стен и пола.
В 1992 году храм был возвращён верующим. Благодаря усилиям настоятеля архимандрита Поликарпа (Гришина), местных жителей и благотворителей храм был восстановлен. Были возведены новые ворота и ступени, отреставрирован фундамент, построен третий ярус с колокольней и позолоченным луковичным куполом. В храм были возвращены некоторые утерянные святыни, включая образы Божией Матери «Скоропослушница» и «Взыскание погибших», а также скульптурный образ святителя Николая Чудотворца.
