Первое упоминание о деревянной церкви на этом месте относится к середине XVI века. В 1588 году архиепископ Арсений Элассонский, прибывший из Константинополя, инициировал строительство каменного храма с главным престолом во имя Рождества Пресвятой Богородицы. Несмотря на это, церковь сохранила своё древнее название, связанное с именем святого Георгия.
В период Смутного времени, в 1611 году, рядом с церковью был сооружён оборонительный острожек, защищавший переправу через Москву-реку. В ходе боёв 1612 года храм и прилегающая территория стали ареной сражений между польскими войсками и русским ополчением. После завершения военных действий церковь была восстановлена.
В 1653 году жители Нижних Садовников возвели новую пятиглавую церковь с трапезной и шатровой колокольней. Главный престол был освящён в честь Рождества Пресвятой Богородицы, а приделы — во имя святого великомученика Георгия и святителя Николая Чудотворца. В 1670–1680-х годах западная часть здания была перестроена: трапезная увеличена, а колокольня возведена заново.
Сильные паводки в 1729 и 1786 годах повредили фундамент и привели к разрушению колокольни. В 1806 году на средства П. Г. Демидова была построена новая трёхъярусная колокольня в стиле классицизма. В 1760-х годах вокруг храма появилась белокаменная ограда с кованой решёткой.
Пожар 1812 года повредил стены и внутреннее убранство храма. В последующие десятилетия храм был восстановлен: в 1829 году отстроена главная часть, в 1836 году построена паперть, а в 1864–1876 годах проведены работы по благоустройству и украшению интерьера.
В годы Первой мировой войны на территории церкви размещался лазарет. Храм оставался действующим до 1935 года, после чего был закрыт и использовался различными организациями. В 1958–1962 годах проведена реставрация здания по проекту Н. Д. Недовича.
16 июня 1992 года указом Святейшего Патриарха Алексия II было учреждено Московское подворье Спасо-Преображенского Соловецкого монастыря, которому был передан храм святого великомученика Георгия Победоносца в Ендове. Первая служба во вновь открытом храме состоялась в 1993 году. 12 ноября 2003 года Патриарх Алексий II совершил Великое освящение храма.
Архитектурно храм представляет собой двусветный бесстолпный четверик, перекрытый сомкнутым сводом с пирамидой кокошников. Четверик увенчан пятью главами на высоких глухих барабанах. Западная часть здания включает трапезную и трёхъярусную колокольню в стиле классицизма. Декор фасадов характеризуется обилием резных кирпичных деталей, наличников и полуколонок. Внутреннее пространство украшено росписями XVII века, сохранившимися на сводах.
