В XIV веке на месте современного храма находился Ивановский монастырь «под бором», основанный в окружении густого леса. Первое летописное упоминание о монастыре датируется 1415 годом. В начале XVII века территория Заречья начала заселяться посадскими людьми и ремесленниками, что привело к постепенному изменению облика района.
В 1578 году, по указу царя Ивана IV Грозного, мощи святых Михаила и Феодора Черниговских были перенесены из Чернигова в Москву. На месте встречи мощей, предположительно в районе нынешнего Черниговского переулка, была возведена деревянная церковь в их честь. В 1675 году, на средства купеческой вдовы Иулиании Иосифовны Малютиной, на месте деревянного храма был построен каменный храм, сохранившийся до наших дней.
Архитектурно храм представляет собой образец стиля «русское узорочье» XVII века. Основной объём храма — четверик с апсидой, увенчанный пятиглавием. Фасады украшены декоративными кокошниками и килевидными наличниками окон. Первоначально к храму примыкала шатровая колокольня, разобранная в XIX веке.
В 1740 году к храму был пристроен южный придел во имя святой великомученицы Екатерины, однако в середине XIX века он был разобран. В этот же период была утрачена первоначальная колокольня. В 1882 году храм был капитально отремонтирован, что способствовало сохранению его архитектурного облика.
В 1924 году храм был закрыт, его здание использовалось под складские помещения. В 1977 году начались реставрационные работы, в ходе которых были восстановлены многие элементы первоначального облика храма. В 1991 году храм был возвращён Русской Православной Церкви и вновь открыт для богослужений.
