В 1903–1904 годах мастер-строитель Лауфер из Кёнигсберга спроектировал и возвёл в Кранце (ныне Зеленоградск) католическую капеллу святого Андрея. Здание, выполненное в неоготическом стиле, имело размеры 9 на 12 метров и было украшено внутренними фресками. Первоначально богослужения в капелле проводил священник из Кёнигсберга: летом — каждую вторую, а зимой — каждую четвёртую неделю месяца. В 1936 году католическая община Кранца получила собственного пастора — Антона Пошмане.
Рядом с капеллой находился дом отдыха «Серые сёстры» госпиталя Святой Елизаветы из Кёнигсберга. Позднее они приобрели капеллу и оборудовали в ней дом отдыха для детей.
После Второй мировой войны, когда регион вошёл в состав Советского Союза, здание капеллы использовалось в качестве склада. В этот период в результате двух пожаров были уничтожены все фрески. Впоследствии здание было перестроено в соответствии с православными канонами.
В 1989 году здание бывшей капеллы было передано Русской Православной Церкви. Богослужения в храме начались с 1989 года, а освящение храма в честь святого апостола Андрея Первозванного было совершено архиепископом Смоленским и Калининградским Кириллом (ныне — Патриарх Московский и всея Руси).
В 2007 году здание капеллы получило статус объекта культурного наследия местного значения.
В декабре 2014 года епископом Балтийским Серафимом была освящена колокольня храма.
14 октября 2023 года на приходской территории храма был открыт памятник святому апостолу Андрею Первозванному. Скульптура из дерева установлена при входе в храм.
Архитектурно здание храма представляет собой строение из красного кирпича в неоготическом стиле с элементами фахверка. Вход в храм расположен с западной стороны, с северной стороны находится башня, с южной — алтарь, с западной — ризница. Во дворе храма установлены семь колоколов, отлитых в Воронеже.
