Село Сарафановка было основано в конце XIX века переселенцами из центральных губерний России. С увеличением числа жителей возникла потребность в строительстве собственного храма для удовлетворения духовных нужд населения. Инициатором строительства выступил местный землевладелец и благотворитель Иван Петрович Сафонов, который выделил участок земли и значительные средства на возведение церкви. Строительство храма началось в 1902 году и завершилось в 1905 году. Архитектором проекта был приглашен Василий Васильевич Сарандинаки, известный своими работами в области церковного зодчества. Храм был освящен в честь преподобного Серафима Саровского, канонизированного в 1903 году.
Архитектурно храм представляет собой образец русско-византийского стиля с элементами псковской архитектуры. Здание выполнено из кирпича, имеет один купол и колокольню, расположенную над притвором. Фасады украшены декоративной кладкой и арочными окнами. Внутреннее убранство включало резной иконостас, выполненный местными мастерами, и росписи с изображением сцен из жития преподобного Серафима.
После революции 1917 года и установления советской власти храм продолжал функционировать, однако в 1930-х годах, в период активной антирелигиозной политики, был закрыт. Здание использовалось под склад и клуб, что привело к утрате значительной части внутреннего убранства и повреждению конструкций. В послевоенные годы здание храма находилось в запущенном состоянии и постепенно разрушалось.
В период перестройки и последующей либерализации религиозной жизни в России, в конце 1980-х годов, местные жители инициировали процесс возвращения храма Русской Православной Церкви. В 1991 году здание было официально передано верующим. Начались восстановительные работы, в ходе которых были отреставрированы фасады, восстановлен купол и колокольня, воссоздан иконостас. В 1995 году храм был повторно освящен и возобновил регулярные богослужения.
В настоящее время храм преподобного Серафима Саровского в селе Сарафановка является действующим приходом Томской епархии. При храме функционирует воскресная школа, проводятся занятия по основам православной веры для детей и взрослых. Храм также является памятником архитектуры регионального значения и привлекает внимание как паломников, так и туристов, интересующихся историей и культурой Сибири.
