Никольский женский монастырь в селе Могочино был основан 1 октября 1989 года при приходском храме святителя Николая Чудотворца, устроенном в деревенском доме. Решение о его создании было принято Священным Синодом Русской Православной Церкви. Первыми насельницами стали пять сестер, постриженных в монашество 13 июля 1991 года епископом Новосибирским и Барнаульским Тихоном (Емельяновым).
Строительство монастырского комплекса началось в октябре 1989 года с закладки фундамента кирпичного Никольского храма. Основные строительные работы завершились к 1991 году. Храм был возведен по древним технологиям без применения современных измерительных инструментов, что привело к характерной архитектурной асимметрии. В декабре 2000 года здание пострадало от пожара, но было восстановлено.
В 2001-2003 годах на территории обители построен гостиничный комплекс с церковью в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Монастырский ансамбль включает келейные корпуса, окруженные высокой оградой с четырьмя башнями. При обители действует мастерская по шитью облачений и школа семейного образования.
Село Могочино, где расположен монастырь, известно с 1726 года. В 1930-х годах оно стало местом ссылки для репрессированных, включая духовенство и верующих. Вблизи села на реке Обь находились баржи с узниками ГУЛАГа. Эти исторические обстоятельства повлияли на выбор места для основания монастыря.
Монастырь имеет подворье в селе Большой Волок, где с 1993 года ведется строительство Спасо-Преображенского мужского монастыря. Обитель содержится за счет пожертвований и собственного подсобного хозяйства. Число насельниц к 2018 году составляло около 60 сестер.