Идея строительства храма возникла в конце 1990-х годов среди членов просветительского братства, действовавшего при Преображенской церкви Горно-Алтайска. В рождественские дни 2000 года епископ Барнаульский и Алтайский Антоний освятил место под строительство на участке, выделенном городскими властями. Участок представлял собой заброшенный пустырь между республиканской больницей и жилым массивом в пойме реки Каяс. В феврале 2002 года был организован общегородской субботник по расчистке территории, в котором приняли участие горожане, духовенство и сотрудники администрации города. Весной того же года произведена замена и укрепление грунта, для чего было завезено более двухсот КАМАЗов щебня. В 2003 году был заложен фундамент, а в 2004 году установлен сруб храма. Первая литургия прошла в мае 2004 года под открытым небом, а осенью был установлен первый деревянный купол. Строительство продолжалось до 2006 года, когда 19 сентября состоялось великое освящение храма.
Архитектура храма представляет собой пример стилизации деревянного зодчества Центральной России. Он является практически точной копией церкви Николая Чудотворца в Саввинской слободе близ Звенигорода. Храм выполнен из бревенчатых стен, не обшитых и не окрашенных, с использованием русской черепицы — лемеха. Иконостас пятиярусный, тябловый, выполнен в традиционном древнерусском стиле. Комплекс дополнен рядом строений, включая воскресную школу, трапезную и водосвятную часовню, объединенных общим архитектурным стилем.
В 2016 году в храм были перенесены мощи преподобного Макария (Глухарёва), которые до завершения строительства нового кафедрального собора в честь Всемилостивого Спаса будут находиться здесь. В 2017 году рядом с храмом установлен памятник преподобному Макарию, отлитый из бронзы и воздвигнутый на народные пожертвования. Автором памятника является известный скульптор и почетный настоятель храма.
