Идея строительства храма возникла в конце 1990-х годов среди членов просветительского братства в честь преподобного Макария Алтайского (Глухарева), действовавшего при Преображенской церкви Горно-Алтайска. В 2000 году епископ Барнаульский и Алтайский Антоний освятил место под строительство храма на территории, ранее представлявшей собой пустырь между республиканской больницей и жилым массивом. В 2002 году, после назначения епископа Максима (Дмитриева) на Барнаульскую кафедру, началась активная подготовка к строительству: был зарегистрирован приход, сформирован попечительский совет, возглавляемый мэром города В.А. Облогиным, и проведены работы по расчистке и укреплению строительной площадки.
Проект храма был основан на архитектурных традициях северного русского деревянного зодчества и адаптирован под местные условия. В 2003 году был заложен фундамент, в 2004 году установлен сруб, и в мае того же года состоялась первая литургия под открытым небом. В 2006 году храм был освящен Преосвященнейшим Максимом, епископом Барнаульским и Алтайским, в сослужении других архиереев.
Архитектурно храм представляет собой двухпрестольное деревянное здание, выполненное в стиле традиционного русского зодчества. Основной объем храма состоит из срубов, увенчанных двухскатными кровлями и главками, покрытыми лемехом. Фасады украшены резными элементами, а внутреннее пространство включает пятиярусный тябловый иконостас, выполненный в древнерусском стиле. В нижнем этаже расположен крестильный храм, в верхнем — основной престол в честь преподобного Макария Алтайского.
В 2016 году в храм были перенесены мощи святителя Макария (Невского), митрополита Московского и Алтайского, что придало храму особое значение как месту паломничества. На территории храма также размещается епархиальное управление Горноалтайской епархии, действует воскресная школа и проводятся регулярные богослужения.