До 1988 года в Горно-Алтайске отсутствовали действующие православные храмы. Верующие собирались для совместной молитвы в частных домах, в том числе на улице Жемчужной, где проживали монахини и инокини бывшего Улалинского Никольского женского монастыря. В январе 1988 года был официально зарегистрирован приход Преображения Господня. В том же году община приобрела дом по адресу улица Матросова, 5, где был оборудован молитвенный дом. 12 июля 1988 года, в день празднования 1000-летия Крещения Руси, было совершено освящение креста и закладного камня в основание будущего храма. Строительство началось в августе 1988 года и велось исключительно на пожертвования прихожан. К зиме 1988 года здание было подведено под нулевой цикл. После Пасхи 1989 года строительство продолжилось, и 24 октября того же года было совершено малое освящение храма. Великое освящение состоялось 18 августа 1991 года.
В 1993 году были приобретены колокола для колокольни. В 1994 году при храме была построена крестильная церковь в честь преподобного Серафима Саровского, а также помещения для просфорной и класса воскресной школы. В 2006 году было возведено здание воскресной школы. В 2009 году построено здание сторожки с подсобными помещениями. К 20-летнему юбилею храма в 2011 году были установлены новые купола и кресты, заменена кровля, проведены отделочные работы и благоустроена территория.
