Он функционирует в составе Федерального научно-клинического центра медицинской реабилитации и курортологии ФМБА России и представляет собой первый больничный храм, открытый в Подмосковье после 1917 года.
История храма начинается в начале 1990-х годов, когда администрация и медицинский персонал больницы обратились с просьбой об устройстве церкви в лечебном учреждении. В марте 1994 года в помещении больницы начались регулярные богослужения. 12 мая 1994 года митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий дал благословение на открытие церкви во имя преподобного Агапита Печерского.
Выбор небесного покровителя храма обусловлен исторической связью преподобного Агапита с врачеванием. Он был монахом Киево-Печерского монастыря XI века и первым известным на Руси врачом, исцелявшим больных молитвой и травами. Согласно летописи, преподобный Агапит исцелил от смертельной болезни князя Владимира Мономаха.
Храм размещается в северо-восточной пристройке здания больницы и не имеет внешних архитектурных признаков культового сооружения. Внутреннее убранство включает алтарь, иконостас, паникадило и оборудованные сидячие места.
С момента основания храм стал центром духовной жизни для пациентов и сотрудников больницы. Здесь совершаются регулярные богослужения, включая Божественную литургию, таинства исповеди, причастия и соборования, а также молебны о здравии. Священнослужители посещают палаты пациентов, не имеющих возможности самостоятельно прийти в храм.
В 2005 году на территории больницы была построена и освящена деревянная часовня в честь Владимирской иконы Божией Матери. Летом в ней проходят водосвятные молебны.
Храм активно участвует в духовно-просветительской деятельности. При нём действует библиотека, аудио- и видеотеки, а также издаётся приходской листок. Сотрудники и пациенты больницы участвуют в ежегодных Рождественских и Пасхальных концертах, проводимых в актовом зале учреждения.
В период пандемии COVID-19 храм продолжал свою деятельность, соблюдая санитарные меры. Богослужения проводились с ограниченным числом участников, а священнослужители продолжали окормление пациентов и сотрудников больницы.
