Храм преподобной Марии Египетской – церковь, устроенная в середине XIX века в бывшей монастырской трапезной. Первоначально на этом месте стояла братская трапезная палата, возведённая около 1824 года. Когда в 1850-х годах для братии построили новую просторную трапезную, старое помещение решили преобразовать в домовой храм. Церковь была освящена 8 июня 1858 года во имя преподобной Марии Египетской и святой праведной Анны, матери Богородицы. Позднее, по инициативе великого оптинского старца преп. Амвросия, в 1880-х годах храм существенно перестроили. После реконструкции в нём стало два придела: первый – по-прежнему в честь прп. Марии Египетской и прав. Анны, второй – в честь святителя Амвросия Медиоланского и благоверного князя Александра Невского. Оба новых придела освящены в декабре 1885 года Калужским епископом Владимиром. Таким образом, этот храм увековечил память небесных покровителей старца Амвросия Оптинского.
После закрытия Оптиной пустыни в 1920-е годы храм Марии Египетской пришёл в запустение. В советский период здание бывшей трапезной использовали под хозяйственные нужды, и церковное убранство было утрачено. Возвращение храма Церкви началось в конце 1980-х – начале 1990-х годов вместе с возрождением монастыря. В настоящее время проводится поэтапная реставрация этой церкви. Часть помещений на втором этаже здания занята иконописной мастерской братии. Полностью восстановить исторический облик храма планируется с последующим его освящением, чтобы он вновь мог служить местом молитвы. Хотя регулярные службы здесь пока не проходят, храм прп. Марии Египетской остаётся памятником духовного подвига старцев Оптиной пустыни и историческим сооружением, связанным с жизнью обители XIX века. В ходе работ реставраторы опираются на сохранившиеся дореволюционные описания и фотографии, стараясь точно воссоздать декор и иконостас храма.