Село Нагорье, расположенное на холме, известно с XVII века. Изначально носившее название Пореево, затем Никольское и Преображенское, село получило своё современное название в 1770 году.
В 1785 году помещик Григорий Спиридов начал строительство каменной церкви Преображения Господня с тремя престолами и колокольней. Строительство было завершено в 1787 году, а в 1790 году в трапезной церкви были погребены Григорий Спиридов и его супруга. В 1795 году при их сыне, сенаторе Матвее Григорьевиче Спиридове, были пристроены два придела с западной стороны церкви в память о ранее существовавшем деревянном Никольском храме. В 1833 году в трапезной был устроен престол в честь Казанской иконы Божией Матери, перенесённый из домовой церкви Матвея Григорьевича Спиридова.
Архитектурно церковь представляет собой каменное здание с тремя престолами и колокольней. Внутри храма сохранились элементы декора, свидетельствующие о богатстве и значимости сооружения.
Село Нагорье издавна было значимым торговым пунктом. В 1880 году на центральной площади села располагались 60 торговых лавок, из которых 17 были каменными и принадлежали местной церкви. Проводились ежегодные ярмарки, привлекавшие торговцев и покупателей из различных регионов.
В советский период церковь, как и многие другие храмы, подверглась изменениям. В 1920 году здание было передано музею, а в 1930-е годы колокольня и часть монастырских строений были разрушены. В 1943 году храм был возвращён верующим.
В 2000 году началась реставрация церкви. К началу 2010-х годов были завершены работы по восстановлению тёплого придела, где теперь проводятся регулярные богослужения. Основной объём храма подвергся косметическому ремонту фасадов, однако внутри он остаётся пустым, проёмы забраны решётками, остекление отсутствует (по состоянию на июль 2018 года).
