Первое документальное упоминание о храме относится к середине XVI века. В сотной выписи 1563 года отмечено: «В селе церковь Никола Чудотворец» . К концу XVI века, согласно писцовым книгам 1593 года, в селе существовала церковь с тем же посвящением, однако она была «не освящена». При ней служил священник по имени Важен, а также упоминаются проскурница и нищие, получавшие питание от церкви. Церковь владела 10 четвертями пашни и сенокосными угодьями на 100 копен сена .
В 1775 году деревянная церковь в Копнино сгорела. В том же году, с благословения епископа Переславского Антония, была возведена новая деревянная церковь во имя Николая Чудотворца . Однако уже в начале XIX века возникла необходимость в строительстве более прочного каменного храма. В 1815 году, на средства прихожан, была построена каменная трёхпрестольная церковь с колокольней. Главный престол был освящён во имя святителя Николая Чудотворца, а приделы — в честь преподобного Сергия Радонежского и Казанской иконы Божией Матери .
Архитектурно храм представлял собой образец русской церковной архитектуры начала XIX века. Каменное здание с трёхъярусной колокольней гармонично вписывалось в окружающий ландшафт. Внутреннее убранство отличалось богатым декором и иконостасом, соответствующим канонам православной традиции.
В советский период храм разделил судьбу многих религиозных сооружений страны. Он был закрыт и подвергся разорению. Колокольня и основные элементы внутреннего убранства были уничтожены, здание использовалось не по назначению и постепенно приходило в упадок
.В постсоветское время начались работы по восстановлению храма. Благодаря усилиям местных жителей и прихожан, здание было отреставрировано, и в нём возобновились богослужения. В настоящее время церковь Николая Чудотворца в Копнино является действующим храмом, служащим духовным центром для местного населения .
