Первые упоминания о церкви в селе Прудищи относятся к началу XVIII века. Изначально деревянный храм был построен на противоположной стороне ручья, где позднее располагалось кладбище. В 1765 году на средства прихожан был возведён новый деревянный храм на новом месте.
В 1830 году на месте деревянного храма был построен каменный храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Строительство велось на средства прихожан и местных благотворителей. Храм был освящён в 1838 году.
Архитектурно храм представляет собой одноглавое кирпичное здание с трапезной и колокольней. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для русской церковной архитектуры XIX века.
В советский период храм был закрыт и подвергся разрушению. В настоящее время здание храма находится в полуразрушенном состоянии, однако сохранились основные архитектурные элементы. Ведутся работы по восстановлению и сохранению памятника.